水體生態平衡很重要的一個內容是研究生存環境中的生態因子。生態因子是指對活的有機體產生各種影響的環境因素，而各種生態因子中最重要的是找出限制因子。如果生物對某個因子的耐性限度有限，這個因子在環境中又容易變化，這個因子就可能成為限制因子。例如，氧氣，對于陸生生物來說，因其數量豐富又很穩定，很少成為限制因子。但對于水生生物來說，氧氣，因其數量少又經常變化，則很容易成為限制因子。

水中的溶解氧含量則是水生生物的生存環境中的最重要的限制因子，決定著水體的生態平衡。所謂“水體受污染”就是大量的有機污染物（即營養物、即肥料）進入水體后消耗水中的溶解氧超過了水體的自凈能力而稱之，因而破壞了水體的生態平衡?；謴鸵驯黄茐牡纳鷳B平衡，就要根據生態失調的標志采取相應的措施，研究水體生態平衡修復一定不能忘記這一最重要的限制因子。這就是水體受污染后生存環境的特殊性。不能消除有機污染物和恢復水中的溶解氧，水體生態平衡就不可能修復。忽略這一特殊性，則對水體中生態系統的修復成效就不大。

研究生物群落演替的發生。

研究水體的生態平衡修復的另一個重要的內容是研究生物群落的演替。生物群落這一術語是莫比烏斯（Mobius）于1877年首先提出，生物群落是一種動態組合，隨著環境條件的改變及其自身的發展，群落中會不斷出現一些新的種類，這種新的種類代替了另一些消失的種類，并使群落從一種類型演變成另一種類型。
水生演替系列中植物群落的演替大體為：自由漂浮植物階段——沉水植物群落階段——浮葉根生植物群落階段——挺水植物群落階段——濕生草本植物階段——木本植物階段。這些演替的每一個階段都需幾十年、幾百年，代表著每一個時代的流逝，不可能逆向發展，（即不可能試圖用種植沉水植物讓水生生態演替逆行恢復為自由漂浮植物階段）。

島嶼生物平衡模型

1963年Mac Arthur和Wilson首次提出島嶼生物群集模型（Colonization  Model）的理論。他們認為，島嶼各有不同的、獨立的地理環境，其動植物區系也有不同。當物種由外部遷入，又稱群集（Colonization）的初期各種物種間沒有影響，群集速度大多受遷入物種的擴散能力和遷出規律的影響。只有當遷入物種的群集速度與消失速度相同時，種數就達到了平衡點，此時群落內就會產生捕食、被捕食、競爭等種間的相互作用。這種作用決定島嶼的生物組成，就顯出群落的統一性。島嶼生物群落的這一特性就是Mac Arthur  Wilson島嶼生物平衡模型（Equilibrium  Model of Island Biography）的要點。

學者們認為相同生境中若有孤立的、有機體難超越的小生境，也可以認為這類小生境是“島”。所以各種水體中的石頭、沉水的木塊，甚至某些人工基質等也可以從生態學角度認為是一個“島”。當某一自然基質或人工基質在水體中開始出現時，一些微型生物（主要指細菌、藻類、原生動物，有時也包括小型的后生動物如輪蟲等）即會在這種基質上進行群集。它所群集的微生物代表了食物鏈上的幾個營養級，可以模擬天然生物群落的演替。

由此可見利用天然基質或人工基質（即填料）放入水體中成為生態學中的“島”，一些微型生物即會群集，群落內就會產生捕食、被捕食、競爭等種間的相互作用，產生食物鏈，恢復水體生態平衡。水體生態平衡修復理論最重要的核心內容就是研究怎樣消除有機污染物，恢復水體中的溶解氧含量和島嶼生物平衡模型結合起來，綜合應用。