城市生態修復的過程,是以生態城市為發展目標,對城市現有的物質環境進行優化更新,恢復城市生態系統的功能,促進城市社會、經濟、自然系統協調、有序狀態演進的過程城市生態系統的退化往往是因為多種生態要素和生態功能的退化,對于區域生態修復工程,需辨析系統退化的主導因素,發現環境惡化的主要問題,從而確定主要的恢復對象和工程內容。

國外的城市生態修復工程常常是結合生態規劃同時進行,在完成生態系統功能修復的同時,實現城市的有機更新,將生態規劃、環境整治、生態恢復一系列方法結合,營建自然協調的城市環境,并通過廣泛的公眾參與加強生態恢復成果的效應。

城市生態系統不同于自然界的生態系統，系統內部的結構、功能較自然界簡單，城市生態修復一般認為包含四個方面的內容：山地生態修復、水體生態修復、棕地生態修復、綠地系統生態修復。城市水體參考成因的自然屬性進行分類，可分為四個類型：河流、湖泊、濕地、濱海。

修復的目標難以確定。退化生態系統修復可能的發展方向。保持生態系統的原狀、減慢生態系統的退化、生態系統退化前的狀態、介于生態系統退化前與原狀之間的狀態。人們從事的生態修復目標定為哪個階段，為什么定于這個階段難以界定。

生態修復技術難度較大。生態系統的修復是一個“私人定制”需要因地制宜的過程。河流的生態修復與山體的生態修復從目標、對象、技術手法有根本的區別。即使同是城市河流生態修復，大江與小河的修復手法也不同；河流動植物的發育階段不同，修復方法也有差別。所以，生態修復的技術難度較大，需要針對不同的問題做專門的研究調查，一對一定制。

難以客觀準確的進行修復后的評價。生態修復作為針對自然過程的一項工作，沒有一定的技術手段，是一項極為困難的工作，修復以后針對不同的評價標準，有較大的評價結果差別，目前從世界范圍看，修復效果評價臨巨大挑戰。尤其是我國的生態修復工作，缺乏相關系統數據支撐。

水量減少。城市人口增加、產業用水劇增，導致水量減少；水利工程設施的建設造成江河湖泊的阻隔，彼此之間失去了系統的聯系，造成水量減少。使城市水系統的水文條件等發生變化。

水體的污染。由于人類活動而排放的污染物進入河流水體，超過了河流的自凈能力，使水體和底泥的物理、化學、生物性質發生變化，從而降低了水體的使用價值，使水系統結構和功能發生改變。

植被退化，動物棲息地被破壞。城市對水資源的利用強度和對水環境的干擾力度不斷增加，水生態系統植被緩沖帶的植物減少，整體的植被出現退化，導致動物棲息地破碎化，引起適宜生境空間格局的變化。

城市生態景觀缺失。原本清澈的河流水量減少，水體被污染，植被退化、動物棲息地被破壞、固體廢棄物等丟棄，污水留下黑色的沉淀物，嚴重損害了城市生態景觀。