食藻蟲控藻是水生態修復的一種生物治理技術。其原理是首先利用食藻蟲攝食藻類，降低密度，提高水體的透明度，為水下沉水植的生存創造條件，再利用沉水植被為主的水生植物吸收氮磷營養物質，降級富營養化程度，然后逐步引入挺水和浮葉植物、浮游動物、魚蝦類、螺貝類和有益微生物群，通過優化營養結構，構建功能完善的生態系統增強自身調節能力，鞏固和維護生態修復后續自凈效果，同時改善美化水下自然景觀。

水體富營養化破壞了水體原有生態系統的平衡，給環境帶來諸多危害。對受污染的江河、湖泊、水庫水體進行修復，是經濟社會發展以及生態環境建設的迫切需要。生物修復技術投資少、運行方便、能耗低， 是一條十分合理的水體污染治理路線。在水生態修復過程中應避免采用單一的修復方法。水生植物修復、微生物修復及水生動物修復并不是相互孤立的，水體中任何生物種類的變化均會影響其他生物種群和數量的改變。因此，多種生物修復技術可以同時采用，或與其他修復技術結合使用，使其取得更好的修復效果。在運用生物修復技術對富營養化水體進行治理的過程中，也要考慮到物種之間的相互影響和生態安全。